R – Markdown évitant les messages de chargement de paquet

J’ai utilisé Knitr via R-Studio, et je pense que c’est très chouette. J’ai un problème mineur cependant. Lorsque je source un fichier dans un R-Chunk, la sortie knitr inclut des commentaires externes comme suit:

+ FALSE Loading required package: ggplot2 + FALSE Loading required package: gridExtra + FALSE Loading required package: grid + FALSE Loading required package: VGAM + FALSE Loading required package: splines + FALSE Loading required package: stats4 + FALSE Attaching package: 'VGAM' + FALSE The following object(s) are masked from 'package:stats4': 

J’ai essayé de définir les options de R-chunk de différentes manières, mais je n’ai toujours pas réussi à éviter le problème:

 ```{r echo=FALSE, cache=FALSE, results=FALSE, warning=FALSE, comment=FALSE, warning=FALSE} source("C:/Rscripts/source.R"); ``` 

Est-il possible de commenter ces messages?

Vous pouvez utiliser include=FALSE pour exclure tout dans un morceau.

 ```{r include=FALSE} source("C:/Rscripts/source.R") ``` 

Si vous souhaitez uniquement supprimer les messages, utilisez plutôt message=FALSE :

 ```{r message=FALSE} source("C:/Rscripts/source.R") ``` 
 ```{r results='hide', message=FALSE, warning=FALSE} library(RJSONIO) library(AnotherPackage) ``` 

voir Options des blocs dans les documents Knitr

Ma meilleure solution sur R Markdown consistait à créer un bloc de code uniquement pour charger les bibliothèques et à exclure tout ce qui se trouvait dans le bloc.

 {r results='asis', echo=FALSE, include=FALSE,} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, warning=FALSE) #formating tables library(xtable) #data wrangling library(dplyr) #text processing library(ssortingngi) 

C’est une vieille question, mais voici une autre façon de le faire.

Vous pouvez modifier le code R lui-même à la place des options de segment en encapsulant l’appel source dans suppressPackageStartupMessages() , suppressMessages() et / ou suppressWarnings() . Par exemple:

 ```{r echo=FALSE} suppressWarnings(suppressMessages(suppressPackageStartupMessages({ source("C:/Rscripts/source.R") }) ``` 

Vous pouvez également placer ces fonctions autour de vos appels library() dans le script "source.R" .