Sources sur les objects S4, méthodes et programmation en R

Comme je suis souvent confronté à des situations où la programmation S4 est nécessaire pour garder une vue d’ensemble, j’ai collecté pas mal de sources sur les objects, méthodes et programmes S4. Je les ai énumérés ici comme référence. Veuillez également append vos propres sources.

Sur le Web

  • Les fichiers d’aide des methods : fichiers d’ aide des méthodes du package, où la plupart des informations nécessaires peuvent être trouvées
  • Classes S4 en 15 pages : brève introduction à la programmation avec des objects S4.
  • Comment fonctionnent les méthodes S4 : plus d’explications sur les mécanismes sous-jacents.
  • Pas si courte introduction à S4 : avec des exemples pratiques de la façon de construire les classes et des conseils utiles. Il contient un aperçu pratique en annexe, mais contient également des erreurs. Des précautions doivent être sockets en utilisant celui-ci.
  • POO en R : notes de cours avec exemples pratiques sur S3 et S4
  • Objets S4 : présentation de Thomas Lumley sur les objects S4.
  • R programmation orientée object : introduction en profondeur à la programmation orientée object dans R. Elle couvre les classes de référence S3, S4 et S4. Le package de séquences d’ accompagnement implémente le système de classes utilisé dans les diapositives.

Livres

  • Logiciel d’parsing de données-Programmation avec R (J. Chambers): Un classique, bien que non examiné partout, qui contient une grande section sur S4
  • Programmation R pour Bioinformatics (R. Gentleman): spécifiquement orientée vers le travail avec Bioconductor, entièrement basé sur S4. Mais cela donne un aperçu général et est utile pour beaucoup d’autres personnes.

PS: si quelqu’un trouve la case à cocher de la communauté, vous pouvez en faire une publication appartenant à la communauté. D’une certaine manière, je ne le trouve plus dans la fenêtre d’édition …

Ma rédaction de S4 (toujours en cours) est disponible ici: http://adv-r.had.co.nz/S4.html

R pour les programmeurs (Matloff) (gratuit) et Introduction à la programmation et à la simulation scientifiques (Jones) ont une courte section sur les classes S4 «nouveau style».

Un autre bon livre de John Chambers: “Programmation avec des données: un guide du langage S”. Comme son nom l’indique, il s’agit en fait de S, pas de R, mais il fournit de nombreuses informations précieuses sur les classes S4.

Il existe également des informations dans les manuels R “Writing R Extensions” et “R Internals” (en particulier ce dernier). Ceux-ci peuvent être trouvés à http://cran.r-project.org/doc/manuals/ .

Enfin, je recommanderais “How S4 Methods Work” , qui donne un bon aperçu de la manière dont S4 s’intègre à R.